例えばコマンドラインで下記を実行すると640x480の動画が作成されます
ffmpeg -r 30 -i img_%04d.png -vcodec libx264 -pix_fmt yuv420p -r 60 -vf "scale=640:480" out.mp4

動画のfpsを変更したい場合

作業フォルダを空にする
del /f out*.*

動画から連番静止画を抜き出す
ffmpeg -i input.mp4 -vcodec png out\image_%03d.png

連番静止画から動画を作る
ffmpeg -r 30 -i out\image_%03d.png -vcodec libx264 -pix_fmt yuv420p -r 60 out.mp4
A B
A: 最終的に作る動画のfps B: 取り込む静止画をBfpsと見なす

スケールを指定する場合は
ffmpeg -r 30 -i img\img_%04d.png -vcodec libx264 -pix_fmt yuv420p -r 60 -vf "scale=3162:1846" out.mp4