ある程度Gitを操作できるようになってから当たると良いマニュアル/情報源

Gitにある程度慣れ，基本的な操作ができるようになるとより深く知りたくなってくると思いますが，そのときにググって分散した情報を読むのではなく，まとまったドキュメントを活用すると効率が良いです．
まずは中級者向けgit helpについて．

git help help

まずはgit help helpをして，よく使うgit helpについてより良く知っておきましょう．git helpの中でおすすめオプションは以下の2つ．

-w

HTMLでのmanをブラウザで開く．長いmanを読むときなどは読みやすくて地味に便利

-g

ガイド一覧．特定のgitコマンドに縛られないような内容を見ることができます．

gitガイド

$ git help -g
The common Git guides are:

   attributes   Defining attributes per path
   glossary     A Git glossary
   ignore       Specifies intentionally untracked files to ignore
   modules      Defining submodule properties
   revisions    Specifying revisions and ranges for Git
   tutorial     A tutorial introduction to Git (for version 1.5.1 or newer)
   workflows    An overview of recommended workflows with Git

'git help -a' and 'git help -g' lists available subcommands and some
concept guides. See 'git help <command>' or 'git help <concept>'
to read about a specific subcommand or concept.

この中でも特に glossary(用語集)や revisions(リビジョン(範囲)の指定方法一覧)は一度見ておくと，helpで利用される基本用語の意味や曖昧になりがちなrevision指定について整理できるのでおすすめです．例えばHEAD~とHEAD^やmaster..branchとmaster...branchの違いなど
リリースされたばかりのv1.8.5で入った@の意味もgit help revisionsに書かれています(HEADと同じ)．

(余談: ..と...の使い分けの1つは現在のブランチで加えた変更を見る - Qiitaを参考に)
(余談その2: v1.8.5で入ったgit cherry-pick -のコミット ;))

Pro Git

Scott先生の書いた本．仕組みから各コマンドの使い方まで体系立ってまとめられているので一読をすすめます．
特にchapter 9はGitの内部構造についてまとまって書かれた貴重な日本語情報源です．
Pro Git日本語版

Git ML

Gitの動きを知りたい場合．
全部読むのはかなり気合入れないとつらい(たぶん無理…)．
全体の動きを知りたいならHamanoさんが週1ぐらいで書いている"What's cooking in git.git"を読むと近いうちにこんなものが入るんだなーというのがわかる．archive

以上，基本操作が出来るようになってからの理解を深めるのに役立つ情報源でした．