pybelがテキトウすぎてやばい話

大量のsmilesを処理しなければならなくなり、RDKitやpybelで処理できないsmilesをあらかじめ省く作業をしていた。

RDKitの場合

from rdkit import Chem
mol = Chem.MolFromSmiles("C(=C)(=C)C") #やばすぎ構造

[14:00:21] Explicit valence for atom # 0 C, 5, is greater than permittedってでてきた。うんうん。そうだね。

Pybel (OpenBabel) の場合

import pybel
mol = pybel.readstring("smi", "C(=C)(=C)C")
print mol.write("can")

C[C](=C)=Cと出力できてしまった。まじですかこれ。

ということで、構造が正しそうかどうかはRDKitを使い、とりあえずなんでもcanonical smiles出したければpybelを使いましょう。