herokuでamazon route53を使って独自ドメインを設定する。

ここに書いてある。
https://devcenter.heroku.com/articles/route-53

As with any DNS provider, configuring your Heroku app’s DNS involves the following steps:
Create a CNAME record to map from www.example.com to example.herokuapp.com or your SSL endpoint if using SSL.
Establish a redirect from the root domain example.com to www.example.com to avoid the risks associated with root domains and A-records.
Set Route 53 servers as the nameservers for your domain.

1. ドメインを作る(Amazon53)
2. CNAMEを割り当てる
3. S3のバケットを作成する(example.com) リダイレクト設定で www.example.comとかにする。
4. route53にてエイリアスを割り当てる。選択先にs3のバケットが出て来る。
5. 取得したドメインサービスのネームサーバーを変える。(お名前.comとか)

ルートドメインは非推奨なので www.example.comに転送する様に設定。
無理してルートドメインを使う必要はないと思います。