Pythonのライブラリーであるlxmlは(lxmlも¹)、デフォルトでは外部実体(外部エンティティ、external entity)を読みに行きません。

解決方法が公式に書いてあって²、XML Catalogsによる方法も紹介されてるのですが、URI Resolversを書く方法を使ってみました。この方法で、取得した外部実体をファイルとして保存しておけば、問題があって調べるときなどいろいろ便利かな…ということで。

以下は、JATS XMLをバリデートしてみたとき¹のスクリプトです。

lxmlに対して外部実体を解決しながら、あわせて次を行います: entityというフォルダが既にある前提で

取ってきた外部実体をentityフォルダの下に保存しておきます
標準出力(print())に外部ファイルのURL、公開識別子、保存したファイル名(URLのbasename)をカンマ区切りで出力します

from lxml import etree
import argparse
import os
import sys
import requests

arg_parser = argparse.ArgumentParser()
arg_parser.add_argument("file", help="XML file to validate.")
args = arg_parser.parse_args()
print(f'start parsing {args.file}')

count = 0
entity_folder = 'entity'

print("url,id,basename")
class DTDResolver(etree.Resolver):
    def resolve(self, url, id, context):
        if url.startswith('http'):
            global count
            count += 1
            res = requests.get(url)
            # 読み込んだリモートのファイルを保存しておく
            file_name = os.path.basename(url)
            with open(f"{entity_folder}/{file_name}", mode='w') as f:
                f.write(res.text)
            print("'%s','%s,'%s'" % (url, id, file_name))
            return self.resolve_string(res.text, context)
        else:
            f = open(url, 'r')
            return self.resolve_file(f, context)

parser = etree.XMLParser(dtd_validation=True, no_network=False)
parser.resolvers.add( DTDResolver() )

try:
    tree = etree.parse(args.file, parser=parser)
except etree.XMLSyntaxError as e:
    print(f'etree.XMLSyntaxError: {e}')
finally:
    print(f'Loaded {count} remote entities and stored under the "{entity_folder}" folder.')

外部実体の解決 - 無料のVisual Studio CodeとXML拡張機能でJATS XMLを編集する https://qiita.com/yamahige/items/c25f10f2177cc4d9df90#%E5%A4%96%E9%83%A8%E5%AE%9F%E4%BD%93%E3%81%AE%E8%A7%A3%E6%B1%BA ↩ ↩²
Document loading and URL resolving - lxml https://lxml.de/resolvers.html ↩