astropy/pyfits のバグチェックの方法
fitsファイルが行列データを含む場合、astropyやpyfitsのwriteto関数では書き出せないバグが存在する。bug は fix されているので新しいバージョンを使えば解決できる。古いバージョンを使っていて bug に出会った人はご一読ください。
対処方法
pyfits の bug が含まれるバージョン
- pyfits 2.2.2 バグなし
- pyfits 2.3.1 バグあり
- pyfits 2.4.0 以降は bug が fix されている
pyfits は version 2.4.0 以降を使えば良い。
astropy の bug が含まれるバージョン
- astropy 1.1.2 バグあり
- astropy 2.0.11 バグなし
astropy は version 2.0.11 以降を使えばよい(はず)。
確認方法
中身の説明
「すざく」衛星の姿勢ファイルを開いて、オイラー角度を[0,0,0]に変更して保存し、その通りに変更されたかを確認するだけのもの。
必要なスクリプトとファイル
check_att.py
import numpy as np
import astropy
from astropy.io import fits
print "astropy version = ", astropy.__version__
print "open ae905005010_short.att"
f1 = fits.open("ae905005010_short.att")
print f1[1].data.field("EULER")[0]
f1[1].data.field("EULER")[0] = [0,0,0]
print f1[1].data.field("EULER")[0]
print "write attgen1.fits"
f1.writeto("attgen1.fits",clobber=True)
print "open attgen1.fits"
g1 = fits.open("attgen1.fits")
print g1[1].data.field("EULER")[0]
ダメな例
> python check_att.py
astropy version = 1.1.2
open ae905005010_short.att
[ 262.67212651 111.49207819 177.54302463]
[ 0. 0. 0.]
write attgen1.fits
open attgen1.fits
[ 262.67212651 111.49207819 177.54302463] <== 変更箇所が反映されてない。
成功例
>python check_att.py
astropy version = 2.0.11
open ae905005010_short.att
[ 262.67212651 111.49207819 177.54302463]
[ 0. 0. 0.]
write attgen1.fits
open attgen1.fits
[ 0. 0. 0.] <== 正しく変更箇所が保存されている
最後に
2011年にpyfitsのこのバグで結構ハマった。2019年になって、同じバグで astropy でハマった。fitsのライブラリは枯れてると思いがちだが気をつけよう。。