astropy/pyfits のバグチェックの方法

fitsファイルが行列データを含む場合、astropy/pyfitsのwriteto関数では書き出せないバグが存在する。bug は fix されているので新しいバージョンを使えば解決できる。古いバージョンを使っていて bug に出会った人はご一読ください。

対処方法

pyfits の bug が含まれるバージョン

pyfits 2.2.2 バグなし
pyfits 2.3.1 バグあり
pyfits 2.4.0 以降は bug が fix されている

pyfits は version 2.4.0 以降を使えば良い。

astropy の bug が含まれるバージョン

astropy 1.1.2 バグあり
astropy 2.0.11 バグなし

astropy は version 2.0.11 以降を使えばよい(はず)。

確認方法

中身の説明

「すざく」衛星の姿勢ファイルを開いて、オイラー角度を[0,0,0]に変更して保存し、その通りに変更されたかを確認するだけのもの。

必要なスクリプトとファイル
- ae905005010_short.att
- check_att.py

check_att.py

import numpy as np
import astropy
from astropy.io import fits

print "astropy version = ", astropy.__version__
print "open ae905005010_short.att"
f1 = fits.open("ae905005010_short.att")
print f1[1].data.field("EULER")[0]
f1[1].data.field("EULER")[0] = [0,0,0]
print f1[1].data.field("EULER")[0]

print "write attgen1.fits"
f1.writeto("attgen1.fits",clobber=True)

print "open attgen1.fits"
g1 = fits.open("attgen1.fits")
print g1[1].data.field("EULER")[0]

ダメな例

> python check_att.py
astropy version =  1.1.2
open ae905005010_short.att
[ 262.67212651  111.49207819  177.54302463]
[ 0.  0.  0.]
write attgen1.fits
open attgen1.fits
[ 262.67212651  111.49207819  177.54302463] <== 変更箇所が反映されてない。

成功例

>python check_att.py
astropy version =  2.0.11
open ae905005010_short.att
[ 262.67212651  111.49207819  177.54302463]
[ 0.  0.  0.]
write attgen1.fits
open attgen1.fits
[ 0.  0.  0.] <== 正しく変更箇所が保存されている

最後に

2011年にpyfitsのこのバグで結構ハマった。2019年になって、同じバグで astropy でハマった。fitsのライブラリは枯れてると思いがちだが気をつけよう。。

astropy や pyfits の writeto 関数でfitsの行列データが書き出せないバグのチェック方法