備忘のためよく使いそうなLinuxコマンドを一覧化してみました。
whatisコマンドの内容をコメントにしてます。（英語で出力されたものはそのまま）

システム情報

lsdev

組み込まれているハードウェアに関する情報を表示する

lspci

すべてのPCIデバイスを表示する

setserial

Linuxシリアルポート情報の設定と取得

hostname

システムのホスト名を表示・設定する

uname

現在稼働中のカーネルについての名前と情報を得る

設定

env

変更した環境でプログラムを実行する

set

set or unset options and positional parameters

export

set the export attribute for variables

alias

define or display aliases

unalias

delete aliases

ファイル情報、ファイル操作

ls

ディレクトリの内容をリスト表示する

cp

ファイルやディレクトリのコピーを行う

mv

ファイルの移動（や名前の変更）を行う

rm

ファイルやディレクトリの削除を行う

touch

ファイルのタイムスタンプを変更する

mkdir

ディレクトリを作成する

rmdir

空のディレクトリを削除する

pwd

現在の作業ディレクトリの名前を出力する

cd

change the working directory

push

TODO

pop

TODO

ln

link files

テキスト操作

echo

テキストの行を表示する
https://qiita.com/yachinco/private/85d9f89e6b32889d3a12

seq

連番を出力する
https://qiita.com/yachinco/private/8164dcfc1eab7d2e3a8a

cat

ファイルの内容を連結して標準出力に出力する

tac

ファイルの内容を逆順にして出力する

head

ファイルの最初の部分を出力する

tail

ファイルの末尾部分を表示する

wc

各ファイルの改行数、ワード数、バイト数を表示する

nl

ファイルに行番号を付与する

sort

テキストファイルの行の並び替えを行う

uniq

繰り返し行の出力や削除を行う

fmt

簡素で最適なテキスト整形ツール

pr

テキストファイルを印刷用に変換する

tr

文字の変換や削除を行う
https://qiita.com/yachinco/private/a6984233dc0d61000843

expand

タブをスペースに変換する

cut

ファイルの各業から一部分を取り除く
https://qiita.com/yachinco/private/2dff3f5034d0af5d03ab

join

2つのファイルのフィールドが共通な行を結合する

paste

各ファイルの行を結合する

split

ファイルを複数に分割する

sed

テキストのフィルタリング、変換用のストリームエディタ
https://qiita.com/yachinco/private/6f087917e74f3bc30a43

awk

pattern scanning and processing language
https://qiita.com/yachinco/private/aa594652db6e21005d98

grep

パターンにマッチする行を表示する
https://qiita.com/yachinco/private/40d61c8fe152ea4e336e

diff

２つのファイル間の違いを探す

tee

標準入力から読み込んだ内容を標準出力とファイルに書き込む

ユーザー管理

useradd

新規ユーザーの作成、新規ユーザーのデフォルト情報の更新

passwd

ユーザーパスワードを更新する

usermod

ユーザーアカウントを更新する

chage

ユーザパスワードの有効期限情報を変更する

userdel

ユーザーアカウントと関連ファイルを削除する

groupadd

新しいグループを作成する

gpasswd

/etc/groupファイルを管理する

id

現在のユーザーID名とグループID名を表示する

newgrp

新しいグループにログインする

groupdel

グループを削除する

who

誰がログインしているかを表示する

whoami

実効ユーザ名を出力する

su

ユーザIDとグループIDを変更してシェルを起動する

ファイルシステム

fdisk

Linux用のパーティションテーブル操作ツール

mkfs

Linuxのファイルシステムを構築する

mkswap

Linuxのスワップ領域を準備する

df

ファイルシステムのディスク使用量を報告する

du

ファイルのディスク使用量を推定する

fsck

Linuxファイルシステムのチェックと修復を行う

e2fsck

Linux ext2/ext3ファイルシステムをチェックする

debugfs

ext2/ext3ファイルシステムデバッガ

dumpe2fs

ext2/ext3ファイルシステムの情報をダンプ(dump)する

tune2fs

ext2/ext3ファイルシステムのパラメータを調整する

mount

ファイルシステムをマウントする

unmount

ファイルシステムをアンマウントする

quota

ディスクの使用状況と使用限度を表示する

edquota

ユーザーのquotaを操作する

パーミッション

chown

ファイルの所有者とグループを変更する

chgrp

グループの所有権を変更する

chmod

ファイルのモードビットを変更する

umask

ファイルモード作成マスクを設定する

検索

which

shows the full path of (shell) commands.

locate

ファイル名データベースからパターンに合うものを表示する

find

ディレクトリ階層をたどって、条件を満たすファイルを検索する

リソース管理

ulimit

ユーザー制限を取得・設定する

ドキュメント

more

CRTでファイルを閲覧するためのフィルタ

less

moreの反対

man

manページを整形するマクロ

whatis

display manual page desdriptions

whereis

コマンドのバイナリ・ソース・manページの場所を示す

info

Infoドキュメントを読む

アーカイブ

tar

GNU版tarアーカイブユーティリティ

dd

ファイルの変換とコピーを行う

ライブラリ

ldd

共有ライブラリへの依存関係を表示する

ldconfig

動的リンカによる実行時の結合関係を設定する

rpm

RPMパッケージマネージャ

yum

Yellowdow Updater modified

プロセス管理

ps

現在実行されているプロセスのスナップショットを表示する

pstree

プロセスのツリーを表示する

top

Linuxのタスクを表示する

kill

プロセスにシグナルを送る

jobs

display status of jobs in the current session

fg

run jobs in the foreground

bg

run jobs in the background

nice

変更したスケジューリング優先度でプログラムを実行する

renice

alter priority of running processes

起動停止

dmesg

print or control the kernel ring buffer

shutdown

Halt, power-off or reboot the machine

reboot

再起動する。または Ctrl-Alt-Delを有効・向こうにする

init

systemd system and service manager

runlevel

Print previous and current SysV runlevel

ジョブ管理

crontab

各ユーザーのためのcrontabファイルを管理する

at

あとで実行するコマンドジョブをキューに入れたり、そのようなジョブの閲覧・削除を行う

日時管理

date

システムの日付や時刻の表示、設定を行う
https://qiita.com/yachinco/private/c2f8329e84023b2581c9

hwclock

ハードウェア・クロック（RTC）の読み取りと設定を行う

ntpdate

set the date and time via NTP

ネットワーク

ping

ICMP ECHO_REQUEST パケットをネットワークのホスト上に送る

traceroute

print the route packets trace to network host

ifconfig

ネットワークインターフェースの設定

netstat

ネットワーク接続、経路テーブル、インターフェースの状態、マスカレード接続、netlinkメッセージ、マルチキャストのメンバーシップを表示する

dig

ドメイン名問い合わせパケットをネームサーバーに送る

route

IP経路テーブルの表示／設定

host

ドメインサーバーを使ってホスト名の検索を行う

arp

システムのARPキャッシュを操作する
https://qiita.com/yachinco/private/4f33aefe427fc24a86e0

iptables

IPv4のパケットフィルタとNATを管理するツール

nslookup

query Internet name servers inteactively

tcpdump

dump traffic on a network

telnet

TELNETプロトコルのユーザーインターフェース

wget

The non-interactive network downloader

curl

transfer a URL
https://qiita.com/yachinco/private/eceda791d2657565e94e

nc

tshark

シェル

source

TODO

test

ファイル種別の確認や値の比較を行う

モジュール

lsmod

Linuxカーネルのモジュールの状態を表示するプログラム

modinfo

Linuxカーネルモジュールに関する情報を表示するプログラム

insmod

Linuxカーネルにモジュールを登録する単純なプログラム

rmmod

Linuxカーネルからモジュールを削除する単純なプログラム

modprobe

Linuxカーネルにモジュールを追加したり削除したりするプログラム

ログイン・ログアウト

login

システム上でセッションを開く

exit

呼び出し元のプロセスを終了させる

last

最近ログインしたユーザのリストを表示する

システム統計

sar

Collect, report, or save system activity information.

utime

ファイルの最終アクセス時刻と修正事項を変更する

iostat

Repot Central Processing Unit(CPU) statistics and input/output statistics for devies and partitins.

vmstat

仮想メモリの統計を報告する

free

システムの空きメモリと利用メモリ量を表示する