Androidだとそれ用の書き方があるからいいんだけど、iOSだとJSでやるしかなさげ。
Androidの場合
"intent://hoge.com#Intent;scheme=get-hoge;package=com.hoge.activity;end"
iOSの場合
<!DOCTYPE html>
<html lang="ja">
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>iOSで開いた時に、URLスキームが存在すればアプリを開く、存在しなければAppStoreを開く</title>
<script type="text/javascript">
$(function(){
var userAgent = navigator.userAgent.toLowerCase();
if (userAgent.search(/iphone|ipad|ipod/) > -1) {
// Launch myapp via URL scheme
launch_frame.location.href= "myapp://";
setTimeout(function(){
// Open App DL page in iTunes Store
location.href= "itmss://itunes.apple.com/us/app/myapp/id99999999?ls=1&mt=8";
} , 500);
}
});
</script>
</head>
<body>
<div style="width:0; height:0; overflow:hidden;">
<iframe id="launch_frame" name="launch_frame">
</iframe>
</div>
</body>
</html>