やりたいこと

入力 (標準入力)

stdin

A
B
C
D
E
F

出力 (標準出力)

stdout

A,B,C
D,E,F

結論

こちで回答したもの。
https://superuser.com/a/1738053/1722949

$ cat split.sh
#!/bin/bash -x
<input.txt pr -3tas,
<input.txt paste -d, - - -
<input.txt awk 'ORS=NR%3?",":"\n"'
<input.txt perl -pe'$.%3&&s/\n/,/'
<input.txt split -l3 --filter=paste\ -sd,
<input.txt perl -l0pe '$_.=$.%3?",":"\n"'

$ ./split.sh
+ pr -3tas,
A,B,C
D,E,F
+ paste -d, - - -
A,B,C
D,E,F
+ awk 'ORS=NR%3?",":"\n"'
A,B,C
D,E,F
+ perl '-pe$.%3&&s/\n/,/'
A,B,C
D,E,F
+ split -l3 '--filter=paste -sd,'
A,B,C
D,E,F
+ perl -l0pe '$_.=$.%3?",":"\n"'
A,B,C
D,E,F

解説

`<input.txt`

コマンドの標準入力に input.txt を流し込む (リダイレクト)。
リダイレクトはどこにあってもいい。
以下は等価 (サブプロセス起動とかで厳密には違う)

$ <input.txt command arg1 arg2
$ command <input.txt arg1 arg2
$ command arg1 <input.txt arg2
$ command arg1 arg2 <input.txt
$ cat input.txt | command arg1 arg2

`pr -3tas,`

pr: プリンタ出力用整形コマンド
-3: 3段組みで
-t: ヘッダなしで
-a: 下方向ではなく横方向に (後述)
-s,: カンマ区切りで

-a が無い場合、段組みの挙動となる

$ seq 9 | pr -3ts,
1,4,7
2,5,8
3,6,9

`paste -d, - - -`

paste はファイルを行単位に結合する。
今回はファイルとして標準入力 (-) を3回指定している。

paste

$ paste -d, a.txt b.txt c.txt
a1,b1,c1
a2,b2,c2
a3,b3,c3
a4,b4,c4

`awk 'ORS=NR%3?",":"\n"'`

awk の基本1 (基本形式)

$ awk '条件式{処理}'  # 条件式 が 真 の場合 {処理} を実行する。
$ awk '{処理}'        # 条件式 が暗黙的に 真 となる。
$ awk '条件式'        # {処理} が暗黙的に {print $0} となる。<- 今回のパターン

awk の基本2 (代入演算子)

### 代入演算子 = は演算結果として代入後の結果を返す。
### 以下の () 内は最終的に a への代入結果の 4 に評価される。
$ awk 'BEGIN{print (a=2+2); print a}'
4
4
### 今回は ORS 変数への代入結果が "," or "\n" なので 条件式 は必ず 真 となる。

awk の基本3 (ORS)

### ORS 変数で print の改行記号が変更可能。
$ awk 'BEGIN{print 1; ORS="@"; print 2; ORS="/"; print 3}'
1
2@3/

まとめ
- awk の基本形は awk '条件式{処理}'
- 条件式 は ORS=NR%3?",":"\n" (=引数全体)
- {処理} は {print $0} (暗黙的に指定)
- ORS 変数への代入結果は "," か "\n" なので 条件式 は必ず真
- ORS 変数を3行おきに "\n"、それ以外の行は "," とし、print の改行記号を調整している

`perl -pe'$.%3&&s/\n/,/'`

-p: 行ごとに暗黙的に print($_) を実行
- $_: 入力行 (awk の $0)
-e: コマンドを指定
$.: 現在の行番号 (awk の NR)
s/\n/,/: s 演算子で置換
- 暗黙的に $_ =~ s/\n/,/ となり、$_ が置換される
&& で短絡評価され、$.%3 が真の場合に限り s/\n/,/ が実行される

`split -l3 --filter=paste\ -sd,`

split

### -l3: 3行ずつに分割
### --filter=command: 分割結果それぞれに対して command を実行
$ seq 6 | split -l3 --filter='cat -n'
     1  1
     2  2
     3  3
     1  4
     2  5
     3  6

paste

### -s なし: 行ごとに結合
$ paste -d, a.txt b.txt c.txt
a1,b1,c1
a2,b2,c2
a3,b3,c3
a4,b4,c4

### -s あり: ファイルごとに結合
$ paste -sd, a.txt b.txt c.txt
a1,a2,a3,a4
b1,b2,b3,b4
c1,c2,c3,c4

### 標準入力を1つのファイルとして読む
$ cat a.txt | paste -sd,
a1,a2,a3,a4

`perl -l0pe '$_.=$.%3?",":"\n"'`

-l0: print() の改行を無効化
-p: 行ごとに暗黙的に print($_) を実行
- $_: 入力行 (awk の $0)
-e: 実行するコマンドを指定
.=: 文字列結合代入演算子 (python3 の +=)
$.: 現在の行番号 (awk の NR)