OpenSSH 7.8以降ではデフォルトでRSA形式ではなくOPENSSH形式の鍵が作成されます。
作成された秘密鍵ファイルを開くと
-----BEGIN OPENSSH PRIVATE KEY-----
の記述が読み取れます。
しかし、JSchなどこのOPENSSH形式の鍵に対応していないライブラリを使うと
invalid privatekey: [B@e682dd
なんて怒られることがあります。
そんなときは、
ssh-keygen -p -m pem -f id_rsa
みたいな感じでOPENSSHからRSAに変換すれば大丈夫です。
ちなみに
RSA形式で作っている鍵ファイルのパスフレーズを変更したりするときも
-m pem をつけないとOPENSSH形式に変わってしまいます。
今回、何も考えずにパスフレーズを変更してこの洗礼を受けたのでしたorz