EC-CUBEがテンプレートを探す順番

1）eccube-root/app/template/　→このディレクトリ以下を参照する
2）eccube-root/src/Eccube/Resource/template/　→このディレクトリ以下を参照する
3）eccube-root/app/Plugin/[PluginName]/Resource/template/　→このディレクトリ以下を参照する

EC-CUBEインストール時

2のみにファイルが存在する

1）eccube-root/app/template/　→このディレクトリ以下を参照する
2）eccube-root/src/Eccube/Resource/template/　→このディレクトリ以下を参照する
3）eccube-root/app/Plugin/[PluginName]/Resource/template/　→このディレクトリ以下を参照する

プラグインインストール時

2，3にファイルが存在する

1）eccube-root/app/template/　→このディレクトリ以下を参照する
2）eccube-root/src/Eccube/Resource/template/　→このディレクトリ以下を参照する
3）eccube-root/app/Plugin/[PluginName]/Resource/template/　→このディレクトリ以下を参照する

管理画面から編集後

1、2，3にファイルが存在する

1）eccube-root/app/template/　→このディレクトリ以下を参照する
2）eccube-root/src/Eccube/Resource/template/　→このディレクトリ以下を参照する
3）eccube-root/app/Plugin/[PluginName]/Resource/template/　→このディレクトリ以下を参照する

参考記事

https://qiita.com/haruna-nagayoshi/items/27108c75eaf9511f3524
https://qiita.com/takeruun/items/70533d0cad9dfc786162