sql 叩いて直接 wp_posts から記事データ消したとかで、関連するメタデータが残ってることがあります。
それらを一括で削除するための SQL
remove_postmeta.sql
/* postmeta のお掃除 */
DELETE
FROM wp_postmeta
WHERE NOT EXISTS (
SELECT 'x'
FROM wp_posts
WHERE wp_posts.ID = wp_postmeta.post_id
);
/* comment のお掃除 */
DELETE
FROM wp_comments
WHERE NOT EXISTS (
SELECT 'x'
FROM wp_posts
WHERE wp_posts.ID = wp_comments.comment_post_ID
);
/* commentmeta のお掃除 */
DELETE
FROM wp_commentmeta
WHERE NOT EXISTS (
SELECT 'x'
FROM wp_comments
WHERE wp_comments.comment_ID = wp_commentmeta.comment_id
);
/* term_relationships のお掃除 */
DELETE
FROM wp_term_relationships
WHERE NOT EXISTS (
SELECT 'x'
FROM wp_posts
WHERE wp_posts.ID = wp_term_relationships.object_id
);
/* taxonomy に紐づけられた記事数の再カウント */
UPDATE wp_term_taxonomy
SET count = (
SELECT COUNT(object_id)
FROM wp_term_relationships
WHERE wp_term_relationships.term_taxonomy_id = wp_term_taxonomy.term_taxonomy_id
);