つらいですねーこういうの。

[root@phy3 samba]# file ./mac20160828/Documents/pjt/pg1x/mx1/var/www/postfixadmin/._config.local.php
./mac20160828/Documents/pjt/pg1x/mx1/var/www/postfixadmin/._config.local.php: AppleDouble encoded Macintosh file
[root@phy3 samba]# file ./win10/K/Dropbox/Documents/projects/aaa_bot/.git/._sourcetreeconfig
./win10/K/Dropbox/Documents/projects/aaa_bot/.git/._sourcetreeconfig: AppleDouble encoded Macintosh file

本当は file コマンド実行した結果を判別してから消すべきなんでしょうが、 ._* で引っ掛けて消すタイプです。
cron.daily に仕込んで終わりにしました。

/etc/cron.daily/metadata-buster.sh

#!/bin/bash
find /var/samba/ -type f -name "._*" -exec rm -f {} \;
find /var/samba/ -type f -name ".DS_Store" -exec rm -f {} \;
find /var/samba/ -type f -name "Thumbs.db" -exec rm -f {} \;