両者は 兄弟 であり、
両者とも Dmitry Baranovskiy氏 が作成したもので、
Snap.svgの方が後発だ。
順当にいけば Snap.svgを使うのが良さそうだが、
GithubにあるSnap.svgのレポジトリを見ると、 １年以上更新されてないのが心配。
しかも ビルド失敗 になっているよう。
それに対して、raphaelの方は頻繁に更新されているよう。
http://dmitrybaranovskiy.github.io/raphael/
両者の比較
| 比較項目 | Raphaël.js | Snap.svg |
|---|---|---|
| リリース | 2009年12月 | 2013年 10月 |
| 最新バージョン | v2.2.7 (github) | v0.5.1 (github) |
| 更新頻度 | 定期的に更新されている | 2017年2月から更新なし |
| ブラウザサポート | IE6.0+, Firefox3.0+, Safari3.0+, Chrome5.0+, Opera9.5+ | IE9.0+, 最新のブラウザ |
| 特徴 | レガシーブラウザをサポートしている（VMLが使える） | SVG仕様（マスキングやクリッピング、グラデーションなど）がフルで使える |
注：２０１８年０３月１１日時点
結論
現時点（２０１８年０３月１１日）は、
raphaelの方
を使った方が良いだろう。
参考
使い方を詳しくまとめてくれているサイト。
http://defghi1977.html.xdomain.jp/tech/snapsvg/snapsvg.xhtml#section_26
https://kuroeveryday.blogspot.jp/2016/12/raphaeljs-vs-snapsvg.html
