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ソフトウェアにApache Licenseを適用する手順として、全てのソースファイルの冒頭にコメントとしてライセンス表記を記載する、ということが書かれていたりします。
正直かなりめんどくさいです。（全てのコードを100%自分で書いているなら、自動で全ソースコードに付与でいいかもですが、scaffoldなどで生成されたコードが含まれていたりしたら…？この辺詳しくないのですが、一つ一つ目視確認することになるのでしょうか…）
全ソースファイルにライセンス文を付与するだけのcommit履歴が残るのも邪魔ですし…

本当に全ソースファイルへのライセンス文付与は必須なのでしょうか。
Apache License適用に関して、ライセンス原文 (https://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0) を見てみます。

"APPENDIX: HOW TO APPLY THE APACHE LICENSE TO YOUR WORK" の項に、

The text should be enclosed in the appropriate comment syntax for the file format.

という記述があります。
"should"ですから、別に必ずしなければならないわけではなさそうです。

また、こちらのページには、Apache License適用にあたってのFAQが書かれていますが、

DO I HAVE TO HAVE A COPY OF THE LICENSE IN EACH SOURCE FILE?
Only one full copy of the license is needed per distribution. See the policy.

というドンピシャな解答がありました。

１つの配布物につき、ライセンスの完全コピーが１つ含まれていればよい、らしいです。
ライセンス全文を記したLICENSEファイルを１個含めておけば良さそうですね。

ただ、"should"なので余裕があればやっておく方が良いかもですね。
上述のFAQページには

Each original source document (code and documentation, but excluding the LICENSE and NOTICE files) SHOULD include a short license header at the top. If the distribution contains documents not covered by CLA, CCLA or Software Grant (such as third-party libraries) then see the policy guide.

と強く書かれていて、リンク先曰く、Apache Software Foundationのソフトウェアは、ソースコードヘッダにライセンス文を記載するという方針みたいです。