ちょうど悩んでいたことを解決出来たのでメモ。
参考元:Sublime Text:インデント(tab)を言語ごとに設定する方法
Packageフォルダに各言語ごとのフォルダを作って、フォルダに「言語名.sublime-settings」という名前で、
{
"tab_size": 2,
"translate_tabs_to_spaces": false
}
と書いて再起動するだけ。
右下で選べるシンタックスと同じ名前にしておけば後から追加した言語でもいけました(と思う。Markdown Extendedとか……)。