サンプルもありますが使い方まで含めて。

まず、GlobalSettingsを継承したGlobalで以下のようにします。

Global.java

public class Global extends GlobalSettings {

	/** アプリケーションで使うinjector **/
	private Injector injectror;

	@Override
	public void onStart(Application app) {
		super.onStart(app);
		// injectorを作成する
		injectror = Guice.createInjector(new AbstractModule() {
			@Override
			protected void configure() {
				bind(Hoge.class).toProvider(HogeImpl.class).in(Singleton.class);
			}
		});
	}
	@Override
	public <A> A getControllerInstance(Class<A> controllerClass) throws Exception {
		// 作成したinjectorをアプリケーションに登録
		return injectror.getInstance(controllerClass);
	}

}

こんな感じ。要は、Controllerで使うインスタンスを
guiceで作成したものにすればよいです。
そのためにgetControllerInstanceをオーバーライドします。

次に、「独自に作成したControllerのインスタンスを使う」という処理を書きます。

route.txt

# Home page
GET     /							@controllers.Application.index()

guiceの仕組みを適用したいControllerクラスの頭に「@」をつけてやります。

これで、対応するクラスでguiceによるDIなどが利用できるようになります。

Application.java

public class Application extends Controller {

	@Inject
	private Hoge hoge;

	public Result index() {
		return ok(hoge.operation());
	}