まず空のディレクトリを作成してその中で下記コマンドを実行。
作成されたfirestore.indexes.jsonにインデックスの設定を書き込む
$ firebase init firestore
下記のコマンドでfirestore.indexes.jsonのみをFirestoreへデプロイする
$ firebase deploy --only firestore:indexes --project PROJECT_NAME
きちんと更新されたかFirestoreのインデックス設定を受信して確認する
$ firebase firestore:indexes --project PROJECT_NAME
終わったらディレクトリを削除して完了
※インデックスの追加は出来たが削除は出来なかった