TSUBAMEでAiZynthFinder用のConda環境を構築したい

本記事の概要

また環境構築ログ．Qiitaのことコードをかけるメモ帳だと思ってるから許して欲しい

やったこと

環境構築

Conda環境に必要なパッケージをぶち込む

conda create --name aizynthfinder python=3.7
conda activate aizynthfinder
conda install -c rdkit "rdkit=>2019.09.1" -y
conda install -c anaconda "tensorflow>=2.1.0" -y
conda install -c anaconda graphviz -y
python -m pip install https://github.com/MolecularAI/aizynthfinder/archive/v3.0.0.tar.gz

まあまあ時間がかかる．

実行に必要なファイルのダウンロード

リポジトリのクローンと，実行に使うらしいファイルのダウンロード

git clone https://github.com/MolecularAI/aizynthfinder.git
cd aizynthfinder
mkdir model
python aizynthfinder/tools/download_public_data.py model

実行用スクリプト類の作成

試しに逆合成してみる化合物のSMILES

smiles.txt

C1=C(N=C(C(=O)N1)C(=O)N)F

逆合成し，その結果をoutput.hdf5として出力するジョブスクリプト（tsubameに投げるやつ）

aizynth_test.sh

#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -N Aizynth_test
#$ -l f_node=1
#$ -l h_rt=0:10:0
#$ -V


. /etc/profile.d/modules.sh
module load cuda/11.2.146 cudnn/8.1

source  ~/.bashrc
conda activate aizynthfinder
export PYTHONPATH="/home/0/{学籍番号}/aizynthfinder:$PYTHONPATH"

aizynthcli --config /home/0/{学籍番号}/aizynthfinder/model/config.yml --smiles /home/0/{学籍番号}/aizynthfinder/smiles.txt

hdf5ファイルを可視化するコード

gen_image.py

import pandas as pd
from aizynthfinder.reactiontree import ReactionTree

data = pd.read_hdf("output.hdf5", "table")
all_trees = data.trees.values
trees_for_first_target = all_trees[0]

for itree, tree in enumerate(trees_for_first_target):
    imagefile = f"route{itree:03d}.png"
    ReactionTree.from_dict(tree).to_image().save(imagefile)

上のコードを走らせるジョブスクリプト．
うまくいくとカレントディレクトリにroute000.png，route001.png，．．．というのがいくつかできる

view_smiles.sh

#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -N View_smiles
#$ -l q_core=1
#$ -l h_rt=0:10:0
#$ -V


. /etc/profile.d/modules.sh
module load cuda/11.2.146 cudnn/8.1

source  ~/.bashrc
conda activate aizynthfinder
export PYTHONPATH="/home/0/{学籍番号}/aizynthfinder:$PYTHONPATH"

python3 /home/0/18B03528/aizynthfinder/gen_image.py                                  

そのほか有用そうな情報

• aizynthcliするときのオプションに--output hogefuga.hdf5をつけるとファイル名がhogefuga.hdf5として保存されるらしい

複数のSMILESを一気に走らせたい

準備

cd aizynthfinder
mkdir SMILES
mkdir OUTPUTS

make_scripts.py

## 目標は，'/home/0/{学籍番号}/aizynthfinder/SMILES'内に複数あるSMILES_(id).txtに対し，output_(id).hdf5を作ってくれるよう>なスクリプトの自動生成

import os

DIR='/home/0/{学籍番号}/aizynthfinder'

with open(DIR+'/auto_script.sh', mode='w') as sh:
    sh.write('#!/bin/bash\n')
    sh.write('#$ -cwd\n')
    sh.write('#$ -N Auto_test\n')
    sh.write('#$ -l f_node=1\n')
    sh.write('#$ -l h_rt=0:10:0\n')
    sh.write('#$ -V\n')
    sh.write('\n')
    sh.write('. /etc/profile.d/modules.sh\n')
    sh.write('module load cuda/11.2.146 cudnn/8.1\n')
    sh.write('\n')
    sh.write('source  ~/.bashrc\n')
    sh.write('conda activate aizynthfinder\n')
    sh.write('export PYTHONPATH="/home/0/{学籍番号}/aizynthfinder:$PYTHONPATH"\n')

    for filename in os.listdir(DIR+'/SMILES'):
        sh.write(f'ayzinthcli --config {DIR}/model/config.yml --output {DIR}/OUTPUTS/{filename}.hdf5 --smiles {DIR}/{filename}\n')