数日間ハマったので共有。
症状
macOS Sierra(10.12.1)とNetbeans8.2を使用してサーブレットなどを実行するとGlassFishServerやTomcatサーバーの起動で泊まってしまう、又はエラーが発生して終了してしまう。（ごめんなさい、スタックトレースとか保存しておくの忘れてました。）
解決策
こちらのページに解決策が書いていました。
Macbook pro issues after Mac OS siera update |Official Apple Support Communities
下記の手順で無事起動しました。
- システム環境整備＞ネットワーク＞(使用しているネットワークを選択)＞詳細＞プロキシ
- 「自動プロキシ検出」「自動プロキシ構成」「Webプロキシ（HTTP）」の3つにチェックをいれ、OK＞適用と進む
- Netbeansを起動しPreferenceを開く
- 一般のプロキシ設定のラジオボタンが「システムのプロキシ設定を使用」になっていることを確認し再ロードをクリック。OKで終了。
ここまでやれば起動するかと思います。初回は少し時間がかかるので気長に待ちましょう。