お世話になります。
AWSキッチンのシェフです。

使用する環境（本番等と開発環境等）によってEC2の秘密鍵は使い分けとかされているでしょうか？

本番環境へのEC2の展開の仕方として、開発環境で一度作ったものをAMI化し、本番環境に作成するといった方法もあると思います。

このときなのですが、EC2作成中に本番環境用の秘密鍵をえらんだとしても、公開鍵ファイルには、検証の時に使っていたときの秘密鍵の公開鍵情報が残っています。

Amazon Linuxのec2-userの場合以下になります。

/home/ec2-user/.ssh/authorized_keys

このままですと、秘密鍵は使い分けしていたつもりでも、じつは、開発環境で使用していた鍵がそのまま使えてしまうので気をつけないといけません。