Mac OS X の Cocoa アプリであれば control キーを使った emacs 風操作が可能だが、一部のショートカットがことえりの定義と重複してしまう。（ことえりは control キーを使ったショートカットを採用している。）
ことえりのショートカット定義は Kotoeri.app 内の KotoeriKeys.plist や Menu.plist に定義されている。

KotoeriKeys.plist

/System/Library/Input Methods/Kotoeri.app/Contents/Resources/KotoeriKeys.plist

Menu.plist

/System/Library/Input Methods/Kotoeri.app/Contents/Resources/Menu.plist

たとえば KotoeriMenuCommand_RegisterWords は「単語登録／辞書編集…」のための定義で、'control shift N' が割り当てられている。この Dictionary ごと削除すれば定義を消すことが出来る。

でコメント化してしまえば良い。

これでもうまく行かない場合は、Menu.plist を開いて複数ある Register Words の項目を書き換える。

Menu.plist

<dict>
	<key>title</key>
	<string>Register Words</string>
	<key>command</key>
	<integer>1919248247</integer> <!-- これは「単語登録／辞書編集…」を示す値なので触らない -->
	<key>enable flag</key>
	<integer>0</integer>
	<key>modifier</key>
	<integer>0</integer> <!-- 念のため0にする -->
	<key>shortcut</key>
	<string></string> <!-- これを空文字にする -->
	<key>mark character</key>
	<integer>0</integer>
</dict>

ことえりメニューおよび「英字」「ひらがな」「カタカナ」「半角カタカナ」等も Menu.plist に定義されている。

作業前には KotoeriKeys.plist および Menu.plist のバックアップを推薦。
変更の反映には ことえり.app の再起動（アクティビティモニタ等で）と、メニューバーの更新のため $ killall SystemUIServer を実行する。