Safari 6からブラウザ側のフォント指定が環境設定からなくなってしまったが、裏設定は存在する模様。
CSSを使う方法はなぜかうまくいかなかったが、これならうまくいった。

####Safari の標準フォントを Lucida Grande / ヒラギノ角ゴシック Pro W3 にする

defaults write com.apple.Safari com.apple.Safari.ContentPageGroupIdentifier.WebKit2StandardFontFamily "Lucida Grande"

####Safari の等幅フォントを Menlo にする

defaults write com.apple.Safari com.apple.Safari.ContentPageGroupIdentifier.WebKit2FixedFontFamily "Menlo"

####Safari の標準フォントサイズを指定する

defaults write com.apple.Safari com.apple.Safari.ContentPageGroupIdentifier.WebKit2DefaultFontSize -int 16

####Safari の等幅フォントサイズを指定する

defaults write com.apple.Safari com.apple.Safari.ContentPageGroupIdentifier.WebKit2DefaultFixedFontSize -int 12

引用： https://discussionsjapan.apple.com/thread/10112755?start=15