XcodeGenを使ってUI Testing Bundle (UIテスト用ターゲット) を追加する

Product Typeに bundle.ui-testing を指定するとUIテスト用ターゲットを追加できます。
https://github.com/yonaskolb/XcodeGen/blob/master/Docs/ProjectSpec.md#product-type

project.ymlでUIテスト用ターゲットの定義と、メインのターゲットでのtestTargetの定義をすれば追加できます。

project.yml

targets:
  ExampleApp:
    type: application
    ...
    scheme:
        testTargets:
            - ExampleAppUITests
  ExampleAppUITests:
    type: bundle.ui-testing
    platform: iOS
    scheme: {}
    sources: ExampleAppUITests
    dependencies:
      - target: ExampleApp
    settings:
      INFOPLIST_FILE: ExampleAppUITests/Info.plist

ちなみにいきなり xcodegen コマンドで生成しても良いですが、テストクラス以外にInfo.plistが必要になります。
XcodeでUIテスト用ターゲットを通常通り作ってからXcodeGenで管理するようにしても良いと思います。

Product > Test か Cmd-U して、テストが実行されればOKです。