Windowsで、CentOSだとかUbuntuのVMをVagrantでよく動かしています。
というか、最近の作業はほとんどそれ。
そこで問題になったのは、WindowsOSとVMとの共通領域(ex:/vagrant)に
npmのローカルインストールを行う際、モジュールのパスが255文字を超えてしまって、
protocolエラーが発生してしまうというもの。
これを回避するには、ひとまずWindowsOSから切り離されたVM上のパス(ex:/home/xxx)で
npm installし、それを上記/vagrant等の場所にリンクを貼るといいのではないでしょうか。
ただし、WindowsOS上のパスにLinuxのリンクを貼る場合、
管理者権限でVMを起動する必要があるようなので、そこのところだけ注意してください。
※管理者権限でコマンドプロンプトを実行して、vagrant upですね。