Qiitaで公開するレベルではない文章だけど、同じエラーにハマってる人へ
現段階（３月３１日）であれば、UnityのVisualCodeEditorのバージョンを１．２．０にすればでなくなった
以下、雑感
1.経緯
１月末くらいにUnityを開いて２０１９．３.0f6にしたところ、VisualStudioCode側で大量の
The referenced project does not exist
が出ていた。情報的には、UnityのVsCodeEditorのバージョン1.1.4が悪さをしているように見えた。
1.1.3にダウングレードしたらなおった、というのもあった。
私のほうは治らず、八方塞がり。
別件（GAS）を調べることもあったため、すっかり後回しにしてた。
2.解決
GASがほぼ片付いたので、そろそろ解決してるだろう、とUnityで新しいデモプロジェクトを開くとプロジェクトのバージョンアップ後、やはり大量のワーニング。
これがでると、コードヘルプに支障がでるので、やはり調査しなきゃ、と検索をかける
どうも、どのバージョンとどのバージョンなら動いた、という情報はあれど、その場限りの解決歩法のようだ
明らかに、２つのアプリで、プロジェクトファイルの扱いに差異があるために発生している問題なので、
VisualCodeEditor側が更新されれば修復するはず
というわけで、最新バージョンである、１．２．０に変更したらワーニングは収まった。
ウィンドウ→PackageManager
Unity側のバージョン変更に伴う問題なので、プロジェクト進行中はバージョンをなかなか変更しないので、問題は大きくならないけど、新バージョンが出ると、Unityを開くたびにバージョンアップしろ、と言われる
もはやUnityは単体で動くものではないので、使う側も気をつけないと余計な時間をとられちゃうますな。
3.ついでに
今回は、2D IsoTilemapsのサンプルプロジェクトを開きたかったんだけど、上のエラーのほかに、
if (PrefabUtility.GetPrefabType(go) == PrefabType.Prefab)
の部分がObsoleteだったので、エラーメッセージの言われるままに以下のように修正。
if(PrefabUtility.GetPrefabInstanceStatus(go) != PrefabInstanceStatus.NotAPrefab)