Django標準のUserモデルを使用の場合が対象ですが、シェルより
下記コマンドでパスワードの変更ができます。

> python3 manage.py shell

>>> from django.contrib.auth.models import User
>>> users = User.objects.all()
>>> user = users[0]
>>> user
<User: hogehoge>
>>> user.set_password('hpge1234')
>>> user.save()
>>>

// control + D

スーパーユーザーをシェルから削除する場合はこちらです。

> python3 manage.py shell

>>> from django.contrib.auth.models import User
>>> User.objects.get(username="hogehoge", is_superuser=True).delete()
(1, {'auth.User': 1})
>>> 

// control + D