ちょっと詰まったのでここに書いておきます。
動作環境
Adobe AIR SDK18以降
http://labs.adobe.com/downloads/air.html
AdobeAIR SDK18以前のバージョンでは、iOS向けにipaを作成すると、application.xmlのversionNumberの値がCFBundleVersion(ビルド番号)とCFBundleShortVersionString(表記バージョン)両方に指定されていました。
そのためビルド番号だけ変更したい場合(例えばリジェクトされたり生成したデータにエラーがあったり)にはいちいちunzipして書き換えて再署名…といった手間がかかっていたのですが、SDK 18からはversionLabelとversionNumberを記述することにより個別に指定できるようになりました。
application.xml
<!-- CFBundleShortVersionString -->
<versionLabel>1.0</versionLabel>
<!-- CFBundleVersion -->
<versionNumber>1.0.1</versionNumber>