環境

OS sierra
HomeBrewインストール済み

やったこと

この記事に従ってpython3.6.1(2017/05/11時点では最新のため)とpipをインストール

pipでは下記のパッケージを導入

pip install numpy #行列取扱用
pip install scipy #なんかよく聞くから入れておいたあとで調べよう
pip install scikit-learn #機械学習用
pip install matplotlib #グラフ出力用

pycharm は公式サイトからダウンロードしインストールしておく。
community editionなら無料だけど十分

preferenceメニュー内のProject Interpreterで「pyenvでインストールしたpython3.6.1のパス」っぽい選択肢ができているのでそれを選択しApplyボタンを押す

あとはブレークポイントを設置して、右上の虫ボタンを押せばデバッグ可能