Phinxには、テーブルを作ったり編集したりするコードを書いたあとで、create()やupdate()というメソッドを呼ぶ必要があります。
でも、save()なんてメソッドもあります。
うーん、違いはなんだろう・・・。

違い

ソースから引用。

create()

Creates a table from the object instance.

テーブルを作ります。

update()

Updates a table from the object instance.

テーブルを更新します。

save()

Commits the table changes.
If the table doesn't exist it is created otherwise it is updated.

テーブルがなければ作るし、あれば更新します。

おまけ

へー、なるほど。
ただ、removeIndex()するときは、save()する必要がなく、すぐに適用されるようです（公式Docより）。

There is no need to call the save() method when using removeIndex(). The index will be removed immediately.