Phinxには、テーブルを作ったり編集したりするコードを書いたあとで、create()やupdate()というメソッドを呼ぶ必要があります。
でも、save()なんてメソッドもあります。
うーん、違いはなんだろう・・・。
違い
ソースから引用。
create()
Creates a table from the object instance.
テーブルを作ります。
update()
Updates a table from the object instance.
テーブルを更新します。
save()
Commits the table changes.
If the table doesn't exist it is created otherwise it is updated.
テーブルがなければ作るし、あれば更新します。
おまけ
へー、なるほど。
ただ、removeIndex()するときは、save()する必要がなく、すぐに適用されるようです（公式Docより）。
There is no need to call the save() method when using removeIndex(). The index will be removed immediately.