これまでAtomでのプロジェクト管理には project-manager を使っていましたが、ghqで管理しているリポジトリを検索して開けるAtomプラグイン Douglas がより便利そうだったのと、元々Gitリポジトリは全部ghq管理下だったので、project-managerから移行してみました。
Douglasを起動するには、⌘ + shift + Pで Command Palette を開き Douglas: Toggle を選びます。
カスタムしたghq rootもちゃんと見ているようです。
flex-tool-barとの組み合わせ
更に、 flex-tool-bar にショートカットを登録して、ボタン一発でDouglasを開けるようにしました。

