下記コードをPodfileに追加後、pod installで解決した。
Podfile
post_install do |installer|
`find Pods -regex 'Pods/Parse.*\\.h' -print0 | xargs -0 sed -i '' 's/\\(<\\)Parse\\/\\(.*\\)\\(>\\)/\\"\\2\\"/'`
end
CocoaPodsのissueでもGoogleMapsやGoogleMobileAdsなどで、同様の問題が起きていることが報告されています。
XCode 7.1 - Include of non-modular header inside framework #4420