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水文水質データベースの1時間降水量データをスクレイピング

Last updated at Posted at 2021-11-06

はじめに

長期間の連続的な降雨データが必要となったため,水文水質データベースから1時間降水量データをスクレイピングすることにしました。
降水量データを(正攻法的に)取得する方法のひとつは,気象庁アメダスのデータを取得することです。
しかし,気象庁アメダスよりデータをダウンロードする際には,データ量に制限がかけられています。
例えば,1時間降水量データは1年強くらいしか一度にダウンロードできません。

最近,台風シーズンになるとよく「100年に一度の雨」とかニュースで耳にしますが,この年数(降雨の発生確率)を求めるためには,数十年程度の降水量データが必要です。
気象庁アメダスから例えば40年分の降水量データをダウンロードしようとすると,それはそれはまあ大変な作業になります。

水文水質データベースから降水量データをクレピング

下記の説明には,正確性を欠いている部分があります。

水文水質データベースのURL構造

ここでは,山梨県の小淵沢を例に取り扱ってみます。
URLは下記の通りになっており,3つのことが読み取れます。

URL: http://www1.river.go.jp/cgi-bin/DspRainData.exe?KIND=2&ID=103081283324005&BGNDATE=20210901&ENDDATE=20211231&KAWABOU=NO

  • ID:103081283324005
  • BGNDATE:20210901
  • ENDDATE:20211231

IDとBGNDATEとENDDATEの3つのパラメータがURLを構成していることがわかります。
これらのパラメータを適当にいじってやれば,任意のページが開けます。

基本的なスクレイピングのコード

ここでは,Pythonでスクレイピングする際によく利用されるライブラリBeautifulSoupurllibrequestを使います。

from bs4 import BeautifulSoup
from urllib import request

そして,URLをrequestライブラリで開いて,データを取得します。

url = 'http://www1.river.go.jp/cgi-bin/DspRainData.exe?KIND=2&ID=103081283324005&BGNDATE=20210901&ENDDATE=20211231&KAWABOU=NO'

# 指定したurlを開く
response = request.urlopen(url)
#urlからBeautifulSoupオブジェクトをつくる
soup = BeautifulSoup(response, features='lxml')
#urlを閉じる
response.close()

request.urlopen(url)で,読んで字のごとくurlを開きます。
BeautifulSoupとは,公式ドキュメントにある通り,HTMLやXMLファイルからデータを取ってくるPythonライブラリです。

Beautiful Soup is a Python library for pulling data out of HTML and XML files. It works with your favorite parser to provide idiomatic ways of navigating, searching, and modifying the parse tree.
公式ドキュメント:https://www.crummy.com/software/BeautifulSoup/bs4/doc/

ここで,soupの中身はこんな感じになってます。

print(soup)

#実行結果の一部
<tr>
<th bgcolor="#FFFFCC"><font size="-1">2021/09/30</font></th>
<td align="right"><font color="#0000ff" size="-1">0.0</font></td>
<td align="right" bgcolor="#e6e6e7"><font color="#0000ff" size="-1">0.0</font></td>
<td align="right"><font color="#0000ff" size="-1">0.0</font></td>
<td align="right" bgcolor="#e6e6e7"><font color="#0000ff" size="-1">0.0</font></td>
<td align="right"><font color="#0000ff" size="-1">0.0</font></td>
...
</tr>

このように,trタグの中身に,それぞれの時刻の降水量が入っています。
今回は降水量をスクレイピングしたいので,trタグに含まれるデータを取得します。

tr_data = soup.find_all('tr')
tr_data = tr_data[4:len(tr_data)-1]

soup.find_all('tr')で,trタグに含まれる要素を引っこ抜きます。
引っこ抜いた最初の数行は降水量データではないので,表データの部分を抽出します。

tr_dataから降水量データだけを引っこ抜きます。

prec = []
for row in range(len(tr_data)):
    tmp = tr_data[row].text 
    tmp = tmp.splitlines() #文字列を改行ごとに分割,リスト化
    prec.append(tmp)

print(prec)

#実行結果 ['', '2021/09/01', '0.0', '0.0', '0.0', '0.0', '0.0', '0.0', '0.0', '0.0', '0.0', '閉局', '閉局', '欠測', '0.0', '0.0', 0.0', '0.0', '0.0', '0.0', '0.0', '0.0', '0.0', '0.0', '1.0', '0.0']

これで,降水量データをリストに格納することができました。
precはそれぞれの「日」と「降水量」を1つの要素とした,「月の日数の長さ」の二次元配列です。

扱いやすいようにpandasのデータフレームに変換しておきます。
各要素の1成分目はなにもデータが入っていない空の成分なので,それを切り落とします。

df = pd.DataFrame(prec)
df = df.drop([0], axis=1)
df.columns = range(df.shape[1])

最終的には,1列目を日時,2列目を降水量とするのが扱いやすいと思います。
そのため,各要素の日時を取得し,それに対応する降水量を配列に収納します。

fixed_prec = [['Date Time', 'Precipitation (mm/h)']]

seq_time = [str(i) + ":00" for i in range(1, 25)]
for row in range(len(df)):
    for col in range(df.shape[1]-1):
        date = df.iat[row, 0]
        tmp_prec = df.iat[row, col+1].strip()
        if tmp_prec == '':
            fixed_prec.append([date + " " + seq_time[col], 'Scraping Failuer'])
        else:
            fixed_prec.append([date + " " + seq_time[col], tmp_prec])

print(fixed_prec)

#実行結果
[['Date Time', 'Precipitation (mm/h)'],
 ['2002/01/01 1:00', '0.0'],
 ['2002/01/01 2:00', '0.0'],
 ['2002/01/01 3:00', '0.0'],
 ['2002/01/01 4:00', '0.0'],
 ['2002/01/01 5:00', '0.0'],
 ['2002/01/01 6:00', '0.0'],
 ['2002/01/01 7:00', '0.0'],
 ['2002/01/01 8:00', '0.0'],
...]

このように,スクレイピングができました。

後はcsvファイル等に格納して完了です。

コードまとめ

これらのコードをまとめた,1地点で複数年をスクレイピングするコードが下記のとおりです。

Water_Information_System_scraping.py
from bs4 import BeautifulSoup 
import csv
import time
from urllib import request
import pandas as pd

place = '日向山'
ID = '103081283313060'
start_year = 2002
end_year = 2003

begin_date = []
for year in range(start_year, end_year + 1):
    for month in range(1, 13):
        if month < 10:
            begin_date.append(str(year) + '0' + str(month) + '01')
        else:
            begin_date.append(str(year) + str(month) + '01')

end_date = []
for year in range(start_year, end_year + 1):
    for month in range(1, 13):
        if month < 10:
            end_date.append(str(year) + '1231')
        else:
            end_date.append(str(year) + '1231')

fixed_prec = [['Date Time', 'Precipitation (mm/h)']]
start_time = time.time()

for n in range(len(begin_date)):
    print('Scraping ' + str(begin_date[n]) + '...')
    
    base_url = "http://www1.river.go.jp/cgi-bin/DspRainData.exe?KIND=2&ID=%s&BGNDATE=%s&ENDDATE=%s&KAWABOU=NO"
    url = base_url % (ID, begin_date[n], end_date[n])
    
    response = request.urlopen(url)
    soup = BeautifulSoup(response, features='lxml')
    response.close()
    
    #trタグは全ての表データ
    tr_data = soup.find_all('tr')
    
    #不要な行を削除
    tr_data = tr_data[4:len(tr_data)-1]
    
    prec = []
    for row in range(len(tr_data)):
        tmp = tr_data[row].text
        tmp = tmp.splitlines() #文字列を改行ごとに分割,リスト化
        prec.append(tmp)
    
    df = pd.DataFrame(prec)
    df = df.drop([0], axis=1)
    df.columns = range(df.shape[1])
    
    seq_time = [str(i) + ":00" for i in range(1, 25)]
    for row in range(len(df)):
        for col in range(df.shape[1]-1):
            date = df.iat[row, 0]
            tmp_prec = df.iat[row, col+1].strip()
            if tmp_prec == '':
                fixed_prec.append([date + " " + seq_time[col], 'Scraping Failuer'])
            else:
                fixed_prec.append([date + " " + seq_time[col], tmp_prec])
    time.sleep(1)

with open(str(start_year) + str(end_year) + place + '_precipitation_WIS.csv', 'w') as file:
    writer = csv.writer(file, lineterminator='\n')
    writer.writerows(fixed_prec)

end_time = time.time()
print('Caluculation time:{}'.format((end_time - start_time)/60) + ' min')

おわりに

きれいなコードを書くための改善点を教えてください。

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