clocコマンドを単に実行するとvendor/bundleやnode_modulesなどgit管理下に無いファイルも集計してしまいます。
$ ls
.DS_Store        .dependabot/     .rubocop.yml     Procfile         bin/             db/              public/
.bundle/         .editorconfig    Gemfile          README.md        config/          lib/             test/
.byebug_history  .git/            Gemfile.lock     Rakefile         config.ru        log/             tmp/
.circleci/       .gitignore       Guardfile        app/             coverage/        package.json     vendor/
$ cloc .
   13862 text files.
   10857 unique files.
    4951 files ignored.
github.com/AlDanial/cloc v 1.80  T=34.00 s (265.3 files/s, 51360.0 lines/s)
-----------------------------------------------------------------------------------
Language                         files          blank        comment           code
-----------------------------------------------------------------------------------
Ruby                              6813         122342         178929         629290
JavaScript                          97          30244          22803         213124
C                                  342          12727          12804          60348
Markdown                           323          20352              0          51256
...
-----------------------------------------------------------------------------------
SUM:                              9021         228601         250093        1267480
-----------------------------------------------------------------------------------
clocではvcsオプションがあり、git配下にあるファイルのみを対象とすることができます。
$ cloc --vcs=git
     169 text files.
     163 unique files.
      36 files ignored.
github.com/AlDanial/cloc v 1.80  T=0.35 s (439.0 files/s, 10178.5 lines/s)
-------------------------------------------------------------------------------
Language                     files          blank        comment           code
-------------------------------------------------------------------------------
Ruby                            89            310            388           1590
Haml                            38              3              2            315
Sass                             8             39             21            250
YAML                            10             52            105            220
HTML                             3             15              3            182
Markdown                         1             15              0             28
JSON                             1              0              0              5
JavaScript                       3              3             26              4
CSS                              1              0             15              0
CoffeeScript                     1              0              3              0
-------------------------------------------------------------------------------
SUM:                           155            437            563           2594
-------------------------------------------------------------------------------
clocのオプションを設定するよりはgitのサブコマンドをエイリアスで定義する方が楽チンです。
# ~/.gitconfig
[alias]
  cloc = !cloc $(git ls-files)
$ cloc --vcs=gitと同じ結果が出る。
$ git cloc
     169 text files.
     163 unique files.
      36 files ignored.
github.com/AlDanial/cloc v 1.80  T=0.10 s (1558.7 files/s, 36142.7 lines/s)
-------------------------------------------------------------------------------
Language                     files          blank        comment           code
-------------------------------------------------------------------------------
Ruby                            89            310            388           1590
Haml                            38              3              2            315
...
-------------------------------------------------------------------------------
SUM:                           155            437            563           2594
-------------------------------------------------------------------------------

