vmdkはvboxmanageで圧縮ができないので注意。
linuxの場合は以下でzero埋めする。

zero埋め

$ dd if=/dev/zero of=zero bs=4k; rm zero

windowsの場合はsdeleteを使って必ず空き容量をzero埋めしておく。

sdelete.exe -z c:

UUIDで指定し圧縮

$ vboxmanage list hdds
$ vboxmanage modifyhd [UUID] --compact

ファイル名を指定して圧縮

$ vboxmanage modifyhd linux.vdi --compact

例

$ vboxmanage list hdds
UUID:        0490685d-d218-4561-be29-d30ce83d81a3
Parent UUID: base
Format:      VDI
Location:    /home/User/VirtualBox VMs/windows7_vagrant/80gb.vdi
State:       created
Type:        normal
Usage:       windows7_vagrant (UUID: ce7504bb-cc22-4914-8ce8-ccd028bc516e)

$ vboxmanage modifyhd 0490685d-d218-4561-be29-d30ce83d81a3 --compact
0%...10%...20%...30%...40%...50%...60%...70%...80%...90%...100%
$