exeをおいているディレクトリにてexeを実行することを想定されているプログラムの場合、
カレントディレクトリを指定しないと正しく実行できない事があります。
workingdir.vbs
Option Explicit
Dim wShell
Set wShell = CreateObject("WScript.Shell")
wShell.CurrentDirectory = "c:\Program Files\sample"
' 実行プログラムの指定はダブルクォーテーションでくくること。
wShell.Run """c:\Program Files\sample\program.exe""",1,TRUE