今回のエラー

#13 0.732 Fetching https://github.com/manfe/refile.git
#13 2.642 Fetching gem metadata from https://rubygems.org/............
#13 4.718 Resolving dependencies...
#13 5.021 Your bundle is locked to mimemagic (0.3.5), but that version could not be found
#13 5.021 in any of the sources listed in your Gemfile. If you haven't changed sources,
#13 5.021 that means the author of mimemagic (0.3.5) has removed it. You'll need to update
#13 5.021 your bundle to a version other than mimemagic (0.3.5) that hasn't been removed
#13 5.021 in order to install.

解決

解決方法は記事に、「Rails 5.2.5, 6.0.3.6 and 6.1.3.1がリリースされているから、これらはmimemagicに依存しなくなったのでアップグレードすればOK」
とあったので、以下の手順でアップグレード。

Gemfileのバージョンを6.1.3.1に書き換える。

gem 'rails', '6.1.3.1'

次に、bundle updateコマンドを実行する。ここでは、Railsのgemだけをアップデートする。

$ bundle update rails

よかった。。エラー解決に3時間かかった。。。。。。
これも経験かな、、、

今回は以上です。ありがとうございました。