前提

デプロイ先のインスタンスにはCodeDeploy Agentのインストールをしておいて下さい。
また、S3からデプロイするので、適切にポリシーを定義したIAM Roleも割り当てておく必要があります。
参考までに、こちらで適用したポリシーが以下です。

{
  "Version": "2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Action": [
        "s3:Get*",
        "s3:List*",
        "s3:Put*"
      ],
      "Resource": "*",
      "Effect": "Allow"
    }
  ]
}

このCloudFormation TemplateでできるAWSリソース

IAM Role
CodeDeploy:Application
CodeDeploy:DeploymentGroup

手順

デプロイしたいものを用意する

デプロイしたいからCodeDeployを使うので、まずはデプロイするものを用意します。
とりあえず以下の感じで試します。

$ tree
.
├── appspec.yml
└── www
    └── index.html

1 directory, 2 files

デプロイを定義する

appspec.ymlにはデプロイの定義を記載します。

$ cat appspec.yml
version: 0.0
os: linux
files:
  - source: /
    destination: /tmp/

appspec.ymlのあるディレクトリ以下を、/tmpにデプロイする定義にしてみました。
きっと/tmp/www/index.htmlができるはずです。
特に前処理も後処理もしないのであればこれだけです。

デプロイするモジュールをアーカイブする

デプロイしたいものを一式アーカイブします。
アーカイブの形式は、zip、tar、tar.gzのどれかです。

$ zip -r example.zip ./
  adding: appspec.yml (deflated 4%)
  adding: www/ (stored 0%)
  adding: www/index.html (stored 0%)

S3にアップロード

アーカイブをS3にアップロードします。
バケットは事前に作っておいて下さい。

$ aws s3 cp ./example.zip s3://examplebucket/
upload: ./example.zip to s3://examplebucket/example.zip

templateを書く

とりあえずパラメータで渡さずベタ書きしてみます。

template.json

{
  "AWSTemplateFormatVersion": "2010-09-09",
  "Resources": {
    "ExampleContentsDeployRole": {
      "Description": "Deploy example",
      "Type": "AWS::IAM::Role",
      "Properties": {
        "AssumeRolePolicyDocument": {
          "Version": "2012-10-17",
          "Statement": [
            {
              "Sid": "",
              "Effect": "Allow",
              "Principal": {
                "Service": "codedeploy.amazonaws.com"
              },
              "Action": "sts:AssumeRole"
            }
          ]
        },
        "ManagedPolicyArns": [
          "arn:aws:iam::aws:policy/service-role/AWSCodeDeployRole"
        ]
      }
    },
    "ExampleContents": {
      "Type": "AWS::CodeDeploy::Application"
    },
    "ExampleContentsDeployGroup": {
      "Type": "AWS::CodeDeploy::DeploymentGroup",
      "Properties": {
        "ApplicationName": {
          "Ref": "ExampleContents"
        },
        "AutoScalingGroups": ["ExampleGroup"],
        "Deployment": {
          "Revision": {
            "RevisionType": "S3",
            "S3Location": {
              "Bucket": "examplebucket",
              "BundleType": "zip",
              "Key": "example.zip"
            }
          }
        },
        "ServiceRoleArn": {
          "Fn::GetAtt": [
            "ExampleContentsDeployRole",
            "Arn"
          ]
        }
      }
    }
  }
}

validate-templateしてみる

$ aws cloudformation validate-template --template-body "`cat template.json`"
{
    "CapabilitiesReason": "The following resource(s) require capabilities: [AWS::IAM::Role]",
    "Capabilities": [
        "CAPABILITY_IAM"
    ],
    "Parameters": []
}

IAM Roleを作るのでCAPABILITY_IAMつけろよと注意してくれてますね。

stackを作成する

$ aws cloudformation create-stack \
	--stack-name testdeploy \
	--template-body "`cat template.json`" \
	--capabilities CAPABILITY_IAM
{
    "StackId": "arn:aws:cloudformation:ap-northeast-1:360022049035:stack/testdeploy/87076e00-2c6c-11e6-82ca-50a68656dc82"
}

これでできたと思います。
初回のデプロイに失敗するとstackごとFailedになってしまうので要注意です。
なので、環境構築用のstackとは別にしたほうが失敗時にダメージが少ないかもしれないですね。