詳細な説明は Wikipedia を参照の事．
ネットワークでは，IPアドレスはよく話に登りますが，意外とポートについては話に登らない場合があります．
TCP/IPは，基本的には[IPアドレス:ポート番号]が一つの通信端点です．この通信端点で通信を行います．
TCP/IP受信側，概ねサーバとして動き，クライアントからの通信を待ち受ける場合は，ポート番号を事前に仕様として決めて使う場合が殆どですが，他方，クライアント側は，ポート番号はOSの自動割り当てを使う場合が多いです．この様な場合で，二台以上の機器が互いにサーバを持っており互いに通信しあうケースでは，サーバとして待ち受けるポート番号がエフェメラルポートに被っていると，OSの自動割り当てと被るケースがあります．
Linux のエフェメラルポートは，IANAが提言する範囲からズレています．/proc/sys/net/ipv4/ip_local_port_range を見て確認したほうが良いでしょう．「ここは空いているはず．．．」と思ったポート番号でも，エフェメラルポートの範囲内に入っていると，「あれ？ bind に失敗する．．．」と言うトラブルにハマる可能性があるので，空いていると思ったポート番号の bind に失敗して，他の（関係無さそうな）プロセスがそのポート番号を使用していたら，エフェメラルポートに被っているかを確認すると良いでしょう．
サーバソフトウェアで，独自にポート番号を定義する必要がある場合は，Wikipedia の情報に照らすと，5001〜32767の範囲で定義すれば，少なくともエフェメラルポートとは被らなさそうです．