2018/11/16 追記
Yu Sugawara さんがコメントをくださいました。
ありがとうございます！
この問題は CocoaPods/Xcodeproj の 1.6.0 で修正されていますので、
gem update xcodeproj
で対応したバージョンに上げれば解決します。
RuntimeError 発生
Xcode 10 で CocoaPods の pod install を実行すると、つぎのエラーが出ました。
RuntimeError - [!] Xcodeproj doesn't know about the following attributes {"inputFileListPaths"=>[], "outputFileListPaths"=>[]} for the 'PBXShellScriptBuildPhase' isa.
If this attribute was generated by Xcode please file an issue: https://github.com/CocoaPods/Xcodeproj/issues/new
issue を発見
エラー内容で検索してみると、つぎのissueが見つかりました。
[https://github.com/CocoaPods/CocoaPods/issues/7835](Xcodeproj doesn't know about the following attributes {"inputFileListPaths"=>[], "outputFileListPaths"=>[]} for the 'PBXShellScriptBuildPhase' isa #7875)
どうやら、 Xcode 10 で pod install を実行すると発生するエラーのようです。
TARGETS の Build Phases の Run Script にある、 Input File Lists や Output File Lists があるとエラーになってしまうとのことです。
対応方法
対応方法もさきほどのissueで紹介されていました。
その方法とは、 つぎの手順で Input File Lists や Output File Lists を削除することです。
プロジェクトファイルの中身を直接編集するので、必ずバックアップをとってから実行してください
まず、Xcode を終了します。つぎに、プロジェクトの xcodeproj ファイルを右クリックして、メニューから「パッケージの内容を表示」をクリックします。
すると xcodeproj の中身が表示されるので、 project.pbxproj ファイルをエディターで開きます。
「inputFileListPaths」や「outputFileListPaths」で検索して、該当する行を削除して保存します。
これで対応は完了です。
もう一度 pod install を実行すると、エラーがなくなります。