ggplot2で散布図を書いて各点の頻度で色を変える

散布図で各点の頻度を色で示す

基本的な書き方

g <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width))
g <- g + stat_bin2d(bins=75)
g <- g + scale_fill_gradientn(colours=c("green","black","magenta"),limits=c(0,5))

プロットの頻度を色で示すにはstat_bin2dを使う。もしくはstat_binhex()を使って六角形のプロットにすることもできる。stat_bin2dの引数binsで大きさを調整できる。

scale_fill_gradientnで色合いなどを決められる。右から最小、真ん中、最大をcolorsで設定。最大値と最小値をlimitsで設定する。

任意に中央値を決める

中央に指定した色を中央値からずらして任意の値にしたいときはvaluesとscalesパッケージのrescaleを使ってscale_fill_gradientnのオプションに以下のように追加する。

library("scales")
g <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width))
g <- g + stat_bin2d(bins=75)
g <- g + scale_fill_gradientn(colours=c("green","black","magenta"),limits=c(0,5),values=rescale(c(0,1,5))

フォントとか設定する（Theme）

あとは目盛のフォントサイズなどを整えて出来上がり。

g <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width))
g <- g + stat_bin2d(bins=75)
g <- g + g <- g + scale_fill_gradientn(colours=c("green","black","magenta"),limits=c(0,5),values=rescale(c(0,1,5))
g <- g + xlab("Sepal length") + ylab("Sepal width")
g <- g + theme(axis.title.x = element_text(size=16), axis.title.y = element_text(size=16), axis.text.x = element_text(size=14),axis.text.y = element_text(size=14),legend.title=element_text(size=14),legend.text=element_text(size=14))

出来上がりサンプル

中央色を中央値として使用した散布図

中央色の値を1に設定した散布図