補足：あくまで実験結果ですので、100%再現されるとは限りません。
原因と対処法が数年に渡って錯綜しているようですが。
Eclipseで、Unhandled event loop exceptionが発生するのを回避する方法の暫定版です。
(org.eclipse.swt.SWTErrorと表示されるのも、おそらく同件。)
エラーに遭遇した事がある方は、(ワークスペース)/.metadata/.logなどを参照で。
[Exceptionが発生しやすい状況]
Project Explorer上で何かをクリックした後に、コードエディタのコード部分をクリックした場合。
※コード部分の描画(アクティブ化？)が終わる前にクリックすると、発生しやすい。
[Exceptionが発生しにくい状況]
Project Explorer上で何かをクリックした後に、、コードエディタのタブをクリックし、
その後にコード部分をクリックした場合。
とうことで、アクティブでないウインドウ(コードエディタのコード部分)をクリックした時に、Unhandled event loop exceptionが発生している・・ような気がします。
[結論]
他のViewに触れた後にコードエディタに戻る場合は、コードエディタのタブをクリックしてからコード部分に触れるとよさげ。
－－－ きりとりせん －－－
他の対処法1：(回避できる場合もある・・？)
Eclipseの起動オプション(jvmに渡すパラメータ)が原因とする説。
1-1
-vm (javaw.exeのパス) を指定すると直るらしい？
=> jdk1.6、1.7、1.8で実験してみたが、exceptionが発生する。
jdk1.7のjavaw.exeを指定すると、若干発生率が下がる？？
(Eclipseを起動しなおすと、発生率が変わる模様)
1-2
-Xmx オプションは指定しない方がよい？
(Eclipse lunaのreadme/readme_eclipse.htmlで、他の現象の対策として書かれている。)
=> これも、-Xmx (デフォルト値)を渡した時に、若干発生率が下がる事があるかも？
という感じでした。
> 3.2.6 Platform - SWT
> Opening File Dialog crashes eclipse (Vista only)
> ・・・i.e. do not use the -Xmx VM args. (bug 188317)
※補足：過去に-Xmxオプションを指定した事がある場合は、
-Xmx (デフォルト値)を渡さないと直らない・・かも。
－－－
他の対処法2：(回避できる場合もある・・？)
Eclipseの .javaの関連付けを変更すると直るとする説。
※Windowsではなく、Eclipse内で設定する関連づけです。
=> これも、他の対処法1と似たような状況。
WindowBuilderのインストールは試しませんでしたが、.javaにJava Editorを関連づけた後に、
発生条件を満たす(他のViewに触れた後に、コード部分をクリックする)と、Exceptionが発生します。
WindowBuilderのインストールも必要という説も。
http://stackoverflow.com/questions/15594590/eclipse-bug-unhandled-event-loop-exception-no-more-handles
補足1：このQ&Aに書いてある回答は
1.Help > Install New Software... から、WindowBuilderをインストールする
2-1.Window > Preferences >
General > Editors > File Associations を開く
2-2.File types: の、Add...ボタンをクリック
File type: 欄に、.javaを入力してOK
2-3.Associated editors: で、WindowBuilderを選択して、Defaultボタンをクリック
という内容です。
補足2：試した限りでは、Eclipseを再起動すると、.javaの関連付けの設定が消えるようです。
(関連付けの設定画面を閉じる瞬間に、一瞬、何らかのエラーが表示されます。)