Linux上に構築したR環境でtidyverseをインストールする際に毎度同じエラーが発生するのでその対処法を備忘録として書き残しておきます．
この記事ではUbuntuを想定します．
最初に出るエラーメッセージ
まず普通に
install.packages("tidyverse")
でパッケージのインストールを試みます．
すると下記のようなエラーメッセージが表示されます．
Warning messages:
1: In install.packages("tidyverse") :
installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status
2: In install.packages("tidyverse") :
installation of package ‘rvest’ had non-zero exit status
3: In install.packages("tidyverse") :
installation of package ‘tidyverse’ had non-zero exit status
どうやらxml2, rvestというパッケージのインストールが上手くいっていないことが原因のようです．
エラーの原因になっているパッケージをインストールする
ではまずxml2のインストールを試みます．
install.packages("xml2")
すると下記のようなエラーが出ます．
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libxml-2.0 was not found. Try installing:
* deb: libxml2-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: libxml2-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
* csw: libxml2_dev (Solaris)
If libxml-2.0 is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libxml-2.0.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
rvestでも同じエラーが出ました．
(重要) ここでエラーメッセージをちゃんと読みます．
今回はOSはUbuntuなのでdebに当てはまります．
*debの欄を見るとlibxml2-devと書いてあります．
つまりlibxml2-devをubuntuにインストールすればよさそうです．
ターミナルから以下コマンドを実行します．
bash
sudo apt install libxml2-dev
rvestパッケージも同様にエラーメッセージに従います．
これでR上でxml2やrvestパッケージもインストールできるようになり，tidyverseも無事インストールできます．