ssm-userが作成される順序に変更があり、ec-userのUIDが500から501になる現象を確認しました。
手元で発生したのは下記のプラットフォーム更新ですが、実際には2.11.5->2.11.6で変わっていたと思われます。
Multi-container Docker running on 64bit Amazon Linux/2.11.8
ssm-user:x:500:500::/home/ssm-user:/bin/bash
ec2-user:x:501:501:EC2 Default User:/home/ec2-user:/bin/bash
Multi-container Docker running on 64bit Amazon Linux/2.11.5
ec2-user:x:500:500:EC2 Default User:/home/ec2-user:/bin/bash
ssm-user:x:501:501::/home/ssm-user:/bin/bash
UIDハードコードして何かしている人は要注意です。