org-beamer を使っていると，C-c C-e d で作成途中のプレゼンを PDF プレビューすることがよくあります．しかし，この C-c C-e d (org-export-as-pdf-and-open) はデフォルトでは pdflatex を利用するため，dvipdfmx を想定している場合などは，PDF をうまく生成できません．そんなときには，org-latex-to-pdf-process を設定して org-export-as-pdf-and-open で好みのコマンドを使いましょう．
私は platex と dvipdfmx との組合せで使っているので:
(require 'org-latex)
(setq org-latex-to-pdf-process '("platex %b" "platex %b" "dvipdfmx %b"))
のような設定にしています．