2016年9月末現在、仕様が変わってたっぽく、自分の買ったArduino Yunが古いのか、やり方が違ったのでメモ。
ざっくりとまとめると最初"arduino"という名前を使ってなく、"linino"を使用しています。

Arduino Yunとは、とこれまでの使い方

参考先
http://qiita.com/shozaburo/items/fa07bbb2c24ea6bd371b

公式URL

更新後の使い方

参考先がわかりやすかったので、その書き方で公式URLの日本語化

Micro USBで電源供給するしばらくすると自分のPCにWifiのSSID "Linino-XXXXXXXX"が見えるので選択繋いだらブラウザで "http://linino.local/" にアクセス確かsafariはだめだったパスワードは"doghunter" "CONFIGURE"を押すと、無線LANの設定画面にいくので、そこから繋ぎたい無線LANのSSIDを選択、パスを入力して”configure & restart” タイムゾーン設定もあり Arduinoに設定したものと同じネットワークにPCを繋ぎなおし、再度 "http://linino.local/" にアクセス。きちんとつながれば設定終了

その後、公式ではSSH接続からアップデートを行っています。
そのアップデートを行った場合、参考URLと同じSSIDが見え、同じ設定ができます。
つまり冒頭でも書いた通り古いバージョンだっただけだが、wifiで"Arduino-XXXX"のものが見つからず焦るというお話でした。