（１）まず、CT画像で３D表示をやってみる
3Dslicer (https://www.slicer.org/)は、画像を３D 表示することができる無料ソフトである（今では多くの病院でＣＴからの３D表示を実際おこなっている。もちろんそれは有料ソフトをつかったもの）。
素材は、ここ２０年ずっと、大きな病院から病診連携のさい提供されている、CD-ROM（AOC診断画像ディスク）からのCT画像である。
今回、ぼくにとって、使う経験ははじめてだった。
まず、WEBで紹介されているやり方にならってみたが、うまく表示できず、結局ChatGPTに聞きながら、ずいぶん違った手続きが必要だったので、ここに簡単に紹介する。
ネットより、３D slicerダウンロード後
① CD内のDICOMフォルダ内の画像ファイル（例 785個）をPCデスクトップに保存。しかし、その画像ファイルには、拡張子、.dcmがついていない！
⇒785個の画像ファイルすべての名前の末尾に、拡張子、.dcmをつける
（方法）C:\dicom_workを作成し、その中に785個のファイルをいれ、さらに.batファイルを作成
＊作成した .bat ファイルは、同じ C:\dicom_work フォルダの中に置いてOK
.bat の中身（このままコピペOK）
@echo off
cd /d "C:\dicom_work"
for %%f in (*) do (
ren "%%f" "%%f.dcm"
)
pause
（参考） 内容の意味：
cd /d：対象フォルダへ移動
for %%f in (*)：全ファイルを対象
ren "%%f" "%%f.dcm"：ファイル名の末尾に .dcm を追加
pause：結果を確認できるように一時停止
その後、
rename_dicom.bat などの名前で保存（拡張子 .bat）
右クリック → 管理者として実行
実行後の確認
フォルダ内のファイルがすべて 00000001.dcm のようになる
＊最初、デスクトップでつくっていたら、やっているうちにデスクトップ上のすべての書類名に.dcmがついてしまい、手動で名前をもとにもどさねばならなかったので、注意が必要
② このフォルダを 3D Slicer で Import DICOM files → 読み込み（load） ⇒ これだけではだめだった。読み込んだファイルから、３D表示を邪魔しているファイルを一部手動で削除する必要があった（左側に表示）
不要（どころか表示を邪魔する）Warning例
Scout 撮影前の位置合わせ画像（1枚） ❌ 不要
Dose Report 放射線量のテキスト画像 ❌ 不要
Lung 5mm / 4th 5mmなど 実際のCTスライス ✅ 読み込むべき
そして、ようやく本来の手順へ
③左上のモジュ－ル、クリック、プルダウンから「Volime Rendering」選択。
左側のDisplayのSelect a presetから適当なものを選んで、それから、左上方の「Volume」表示左の眼をクリック（そうすると、目が開き、３D表示が右上にあらわれる）
＊表示の調整方法
マウス操作：
左ドラッグ：回転
右ドラッグ：ズーム
ホイール：スライス調整
「Shift + 左ドラッグ」でより柔らかく動かせる
④「胆のうの抽出と表示」
Segment Editor モジュールに入る
上部「Modules」から Segment Editor を選択
Add ボタンで新しいセグメントを作成（名前例：gallbladder）
Threshold（CT値で胆のう領域を抽出）
胆のうは中に胆汁があり、CT値が低く（-20〜+30 HUくらい）、周囲とコントラストがあるため、それを利用。
手順
Threshold ツールを選択
スライダーで範囲を指定：
最小値：-50〜0 最大値：+50〜100
※この範囲内だけがセグメントに塗られる
抽出範囲が緑に表示される → 良ければ Apply をクリック→ Show 3D をクリックして立体表示確認
Scissors（3Dの空間範囲でくりぬく）
3D表示されたVolumeから、空間的に「胆のうの位置だけ」残すように切り抜く
手順
Scissors ツールを選択
Operation を「Erase outside」に設定
下記の「効果範囲」を 3D に変更
3Dビューで、ドラッグして胆のうのある範囲を選択（立体切り抜き）
Apply をクリック
*左の「Segmentations」で Show 3D を押すと、切り出された立体だけが表示される
*Segment Editorで Smoothing（滑らか化）を適用すると綺麗な形になる
実際のところ、CTでは、Scissors処理が胆のう近くに多く、大変だった
（２）次にエコー画像で
200枚の超音波スライス画像（.jpg）を3D Slicerに読み込んで、Volume（体積データ）として扱うには、以下のような手順が必要。
-
画像を連番ファイルに揃える（すでに済）
slice_001.jpg
slice_002.jpg
...
slice_200.jpg -
Slicerに読み込む（Image Stackとして）
Slicer起動
メニュー：Add Data （Add Dicom dataでない！）または Ctrl + A
ダイアログで .jpg をすべて選択
✔️「Show Options」ボタンをクリック（表示されない場合は下にスクロール）
「Single file」ではなく「Image Stack」にする（重要）
OKを押すと 3D Volume として読み込まれる
＊「JPEG画像は階調が荒く、モノクロ濃淡が不正確な場合があり、PNG や TIFF に変換してから読み込むとより適切です」との注意もあったが、今回JPEGでもかなりうまくいくことがわかった
CTの時と同様、Segment Editor モジュールにはいり、Threshold（CT値で胆のう領域を抽出）を、胆のう部分だけが緑になるように（実際はピンポイントはむずかしいが、そのような傾向になるように）値を設定し、３Ｄ表示した。
矢印の先がどうやら胆のうである。
拡大すると、うまくいっている
CTの時、Scissors処理が胆のう近くに多く大変だった。だが、エコーの時は、胆のうはその周囲から最初から分離していた
Scissors（矢印）とは：胆のう以外の表示を囲って順にけすだけのこと
このSlicerでは、自分のオリオジナルでは「jpgをThreshold後、白黒２極のpngに変換」という作業を、一気におこなえた。
（参考）エコー画像でのｐngをとりこんで、直接３D表示をいてみた
もう、Thresholdしてあるので、（slicerでthresholdせず）直接３D表示でも、下記のように、それなりの画像ができた。
（３）まとめ
自己作成のオリジナルアプリ群での３D表示を、Slicerと比較すると。
slicer: けっこうきれい。辺縁もスムース。
今回は、ThresholdとScissorsしかつかってないが、paint,drawなどほか のツールが充実
また、わざわざpng化せずともjpgのままThreshold→白黒２極化、を自動でしてくれる。
とはいえ、Slicerをもってしても、なかなかスムーズにはいかない。また、胆管までの３D表示はむずかしそう。
結局、slicerをつかったとしても、現状では、３Dで「見やすく患者に提示できる」ようにはなるが、新たな診断知見を得ることはむずかしいそう。
だが胆のうの周囲との分離は、CT画像よりエコー画像のほうがしやすいことがわかった（CTでは、Scissors処理が胆のう近くに多く大変だった）。
＊まあ、これは、普段CTやエコーをみていて納得できる観察であるが。
（４）今後の予定
その３ 以降では
①応用範囲を 盲腸～虫垂 /S状結腸～直腸 に広げる
②３D表示にこだわらず、スクロール+ピクセル表示も含め、診断にいかせるところがないか探っていく
③３D表示については：虫垂の有無、S状結腸の蛇行がアルファか逆アルファか？の判別に役立つことを期待