結論、Microsoft Entra 管理センターで、アプリケーション「Microsoft Flow」を条件付きアクセスポリシーでブロックすればよい。

なおカスタムのポリシーを有効化するためには、事前に「セキュリティの既定値群」を無効化する必要がある。
https://learn.microsoft.com/ja-jp/entra/fundamentals/security-defaults

「Microsoft Flow」へのアクセスをブロックされたユーザーは、Power Automate へログインできなくなる。