Acrobat Proにはアクションウィザードという仕組みがあって、作業を自動化できるようだ。
さらに、AcrobatにはJavascriptで操作する機能もあるらしい・・・。
3,4ページごとにページを削除するスクリプトが欲しかったので書いた。

delNum = 0;//削除した数を保管
maxPage = this.numPages;//末尾のページ数を保管
for(i = 0; i < maxPage; i++){
    three = (i-2) % 4;//3つ目かを調べる(0の時3つ目)
    isThree = (three == 0);//3つ目か判定
    four = (i-3) % 4;//4つ目かを調べる(0の時4つ目)
    isFour = (four == 0);//4つ目か判定
    if(isThree){//3つ目の時、ページを削除し、削除数を増加
        this.deletePages(i-delNum);
        delNum++;
    }
    if(isFour){//4つ目の時、ページを削除し、削除数を増加
        this.deletePages(i-delNum);
        delNum++;
    }
}

この辺参考にした。

Delete Pages Without Text(テキストが埋め込まれてないページを削除するやつ)
- https://www.evermap.com/javascript.asp#Title:%20Delete%20Pages%20With%20No%20Text
見開きのPDFを2ページに分割する方法（Acrobat X 以降用）
- http://tanweb.net/2014/06/27/1234/
見開き２頁分の本のPDFファイルを１頁ずつに分ける方法
- https://askoma.info/2015/09/22/1210
How to Delete the First Page for Thousands of PDF Documents(最初のページを削除)
- http://commonsenseatheism.com/?p=8335
Adobe Acrobat XI + JavaScript例文辞典
- http://www.openspc2.org/reibun/AcrobatXI/
Double page book spread, change to a single flowing page(見開き1ページを1ページにするやつ)
- https://forums.adobe.com/thread/2404101
- http://khkonsulting.com/2014/04/page-splitter-redux/
Adobeのレファレンス
- https://help.adobe.com/en_US/acrobat/acrobat_dc_sdk/2015/HTMLHelp/index.html#t=Acro12_MasterBook%2FJS_API_AcroJSPreface%2FJS_API_AcroJSPreface.htm
- Docについてのところをよく眺めた