Acrobat Proにはアクションウィザードという仕組みがあって、作業を自動化できるようだ。
さらに、AcrobatにはJavascriptで操作する機能もあるらしい・・・。
3,4ページごとにページを削除するスクリプトが欲しかったので書いた。

delNum = 0;//削除した数を保管
maxPage = this.numPages;//末尾のページ数を保管
for(i = 0; i < maxPage; i++){
    three = (i-2) % 4;//3つ目かを調べる(0の時3つ目)
    isThree = (three == 0);//3つ目か判定
    four = (i-3) % 4;//4つ目かを調べる(0の時4つ目)
    isFour = (four == 0);//4つ目か判定
    if(isThree){//3つ目の時、ページを削除し、削除数を増加
        this.deletePages(i-delNum);
        delNum++;
    }
    if(isFour){//4つ目の時、ページを削除し、削除数を増加
        this.deletePages(i-delNum);
        delNum++;
    }
}

この辺参考にした。