Molmilの超初歩的な使い方(1)

Molmilの使い方のメモ1

タンパク研のG. J. Bekker先生らが開発された分子表示ソフト。

Git

Molmil コマンドライン

≡ をクリックしてToggle CLIでpymol形式なものが使える

自分の試すためのメモをここに記する

ファイルオープン　fetch PDBID

fetch 1pkn

選択: select name, expression

select barrel, resi 117-217
select cterm, resi 389-530
select pyruvate, resi 1-116 or resi 218-388

cartoon色変更：color clr, atom-list/expression

color blue, pyruvate
# 残基による選択
cartoon_color blue, resi 117-217
# 複数セグメントを同時に選択　
（and/orの使い方が要注意）
cartoon_color green, resi 1-116 or resi 218-388
# selectで定義したgroupより選択
cartoon_color red, cterm

まとめて処理する方法はコマンドを「；」で連結のみ

fetch 1pkn; select barrel, resi 117-217; select cterm, resi 389-530; select pyruvate, resi 1-116 or resi 218-388; cartoon_color blue, barrel; cartoon_color green, pyruvate; cartoon_color red, cterm;

結果は以下のようになる。

ブラウザで書くとき

https://pdbj.org/molmil2/
の後ろに「＃」をつけて、リンクするだけ。
一行で書いて、他人に送付できる。

https://pdbj.org/molmil2/#fetch 1pkn; select barrel, resi 117-217; select cterm, resi 389-530; select pyruvate, resi 1-116 or resi 218-388; cartoon_color blue, barrel; cartoon_color green, pyruvate; cartoon_color red, cterm;

今日はこの辺で。

MolmilのManual以外、本文の参考サイト：
1．http://dehira.blog.jp/archives/22355149.html
2．http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/supracryst/suzuki/jpxtal/Katsutani/command.php